Das Gertrudenberger Loch, auch als Berger Loch und Gertrudenberger Höhle bezeichnet, entstand im 16. Jahrhundert, nachdem die Stadt Osnabrück im Jahre 1521 ein verlassenes Steinbruchgebäude auf dem Gertrudenberg in Osnabrück als Tauschgrundstück vom Kloster Gertrudenberg erhalten hatte.
Die Stadt Osnabrück baute den Trochitenkalk in den Folgejahren selbst ab und brannte die Kalke in Kalköfen, die in unmittelbarer Nähe auf dem Gertrudenberg standen. Ebenfalls leistete die Stadt Osnabrück auch den Bergwerkbetrieb auf Anthrazit-Steinkohle am Piesberg- die Steinkohle fand ausschließlich für den Kalkbrand Verwendung.
Die gebrannten Kalke, inzwischen unterirdisch gewonnen, fanden Verwendung beim Bau der Petersburg (1628-1629) und für die Verstärkung der Osnabrücker Stadtmauer.
Spätestens 1695, als im Gertrudenberger Loch eine Falschmünzerei betrieben wurde, endete der unterirdische Abbau des Trochitenkalkes.
Ab 1852 nutzten verschiedene Osnabrücker Brauereien das Gertrudenbeger Loch als Bierkeller - mit Ende der Gertrudenberger Bierbrauerei zum 31 Dezember 1928 endete die Bierlagerung im Gertrudenberger Loch.
Zahlreiche Theorien zur Entstehung ranken sich um das Gertrudenberger Loch - Sagen aus dem Gertrudenberger Loch erzählen weiteres Geheimnisvolles.
Im Herbst 1939 erfolgten von der Stadt Osnabrück finanzierte Arbeiten zur Erschließung des Gertrudenberger Loches und Ausbau dessen als Luftschutzraum _ ab 1940 fanden bis zu 4.000 Menschen im Gertrudenberger Loch bei Luftalarmen Unterschlupf.
Unmittelbar nach Ende des 2. Weltkrieges wurden die Zugänge zugesprengt - eine erste Öffnung eines Zugangs nach dem Weltkrieg erfolgte 1966.
Seitdem wurde immer wieder versucht, das Gertrudenberger Loch für die Öffentlichkeit zugänglich zu machen.
Heute erforscht der gemeinnützige Verein Interessengemeinschaft Gertrudenberger Loch e.V das Gertrudenberger Loch und bietet untertägige Führungen an.